- c -

• C2DCurveData() : C2DCurveData
• C2DPlotCurve() : C2DPlotCurve
• calcEigenValues() : CEigen
• calculate() : CEFMAlgorithm , CFitProblem , CEFMMethod , ValueScale , CLyapMethod , CLyapWolfMethod , CBitPatternMethod , CMathTrigger , CMetab , CBitPatternTreeMethod , CModelEntity , COptProblem
• calculate_difference() : CSensMethod
• calculate_one_level() : CSensMethod
• calculateAmu() : CHybridMethod , CHybridMethodLSODA , CStochDirectMethod , CStochMethod , CTauLeapMethod , CTrajAdaptiveSA , CTrajectoryMethodDsaLsodar
• calculateAngle() : CQGLNetworkPainter
• calculateCirclePoints() : CQGLNetworkPainter
• calculateConstraintViolation() : CFitConstraint
• calculateDerivative() : CHybridMethod , CHybridMethodLSODA
• calculateDerivatives() : CModel
• calculateDerivativesX() : CModel , CTSSAMethod
• calculateDivergence() : CModel
• calculateElasticityMatrix() : CModel
• calculateFlux() : CReaction
• calculateFluxModes() : CEFMAlgorithm
• calculateInitialActivity() : CMathTrigger
• calculateInitialTrue() : CMathTrigger::CRootFinder , CMathTrigger
• calculateJacobian() : CModel
• calculateJacobianX() : CModel , CSteadyStateMethod , CCSPMethod
• CalculateKernel() : CBitPatternMethod , CBitPatternTreeMethod
• CalculateMCA() : CMCAMethod
• calculatePartialDerivative() : CReaction
• calculateParticleFlux() : CReaction
• calculatePositionFromValue() : CopasiSlider
• calculatePropensities() : CTrajectoryMethodDsaLsodar
• calculateRootDerivatives() : CMathModel , CModel
• calculateStatistics() : COptProblem , CExperiment , CExperimentSet , CFitProblem , CUnitInterfaceSBML
• calculateUnscaledConcentrationCC() : CMCAMethod
• calculateUnscaledElasticities() : CMCAMethod
• calculateUnscaledFluxCC() : CMCAMethod
• calculateValueFromPosition() : CopasiSlider
• calculateWeights() : CExperiment
• calcValue() : CExpression , CFunction , CMassAction
• calls() : CEvaluationNodeCall , CEvaluationTree
• cancel() : CNormalFraction , CNormalTranslation
• cancelButton_clicked() : CCopasiSelectionDialog
• cancelButtonPressed() : SliderSettingsDialog
• cancelClicked() : CReportDefinitionSelect , ObjectBrowserDialog
• CAnnotation() : CAnnotation
• CArrayAnnotation() : CArrayAnnotation
• CArrayElementReference() : CArrayElementReference
• CArrow() : CArrow
• CBiologicalDescription() : CBiologicalDescription
• CBitPatternMethod() : CBitPatternMethod
• CBitPatternTree() : CBitPatternTree
• CBitPatternTreeMethod() : CBitPatternTreeMethod
• CBitPatternTreeNode() : CBitPatternTreeNode
• CBrowserObject() : CBrowserObject
• CCallParameters() : CCallParameters< Type >
• CChemEq() : CChemEq
• CChemEqElement() : CChemEqElement
• CChemEqInterface() : CChemEqInterface
• CChemEqParser() : CChemEqParser
• CColorScale() : CColorScale
• CColorScale1() : CColorScale1
• CColorScaleAdvanced() : CColorScaleAdvanced
• CColorScaleAverage() : CColorScaleAverage
• CColorScaleBiLog() : CColorScaleBiLog
• CColorScaleSimple() : CColorScaleSimple
• CCompartment() : CCompartment
• CCompartmentGraphNode() : CCompartmentGraphNode
• CCompressedColumnFormat() : CCompressedColumnFormat
• CConcentrationReference() : CConcentrationReference
• CConfigurationFile() : CConfigurationFile
• CCopasiArray() : CCopasiArray
• CCopasiContainer() : CCopasiContainer
• CCopasiDataModel() : CCopasiDataModel
• CCopasiException() : CCopasiException
• CCopasiMatrixInterface() : CCopasiMatrixInterface< MatrixType >
• CCopasiMatrixReference() : CCopasiMatrixReference< CType >
• CCopasiMessage() : CCopasiMessage
• CCopasiMethod() : CCopasiMethod
• CCopasiNode() : CCopasiNode< _Data >
• CCopasiObject() : CCopasiObject
• CCopasiObjectName() : CCopasiObjectName
• CCopasiObjectReference() : CCopasiObjectReference< CType >
• CCopasiParameter() : CCopasiParameter
• CCopasiParameterGroup() : CCopasiParameterGroup
• CCopasiPlotSelectionDialog() : CCopasiPlotSelectionDialog
• CCopasiProblem() : CCopasiProblem
• CCopasiReportSeparator() : CCopasiReportSeparator
• CCopasiSelectionDialog() : CCopasiSelectionDialog
• CCopasiSelectionWidget() : CCopasiSelectionWidget
• CCopasiSimpleSelectionTree() : CCopasiSimpleSelectionTree
• CCopasiStaticString() : CCopasiStaticString
• CCopasiTask() : CCopasiTask
• CCopasiTimer() : CCopasiTimer
• CCopasiTimeVariable() : CCopasiTimeVariable
• CCopasiTree() : CCopasiTree< _Node >
• CCopasiVector() : CCopasiVector< CType >
• CCopasiVectorInterface() : CCopasiVectorInterface< VectorType >
• CCopasiVectorN() : CCopasiVectorN< CType >
• CCopasiVectorNS() : CCopasiVectorNS< CType >
• CCopasiVectorReference() : CCopasiVectorReference< CType >
• CCopasiVectorS() : CCopasiVectorS< CType >
• CCopasiXML() : CCopasiXML
• CCopasiXMLInterface() : CCopasiXMLInterface
• CCopasiXMLParser() : CCopasiXMLParser
• CCreator() : CCreator
• CCrossSectionMethod() : CCrossSectionMethod
• CCrossSectionProblem() : CCrossSectionProblem
• CCrossSectionTask() : CCrossSectionTask
• CCSPMethod() : CCSPMethod
• CDataColumn() : CExperimentObjectMap::CDataColumn
• CDataEntity() : CDataEntity
• CDataModelRenameHandler() : CDataModelRenameHandler
• CDefaultOutputDescription() : CDefaultOutputDescription
• CDependencyGraph() : CDependencyGraph
• CDependencyGraphNode() : CDependencyGraphNode
• CDescription() : CCopasiTask::CDescription
• CDimension() : CDimension
• CDotOutput() : CDotOutput
• CEFMAlgorithm() : CEFMAlgorithm
• CEFMMethod() : CEFMMethod
• CEFMProblem() : CEFMProblem
• CEFMTask() : CEFMTask
• CEigen() : CEigen
• cellWidget() : CTimeSeriesTable
• CEnvironmentInformation() : CUnitInterfaceSBML::CEnvironmentInformation
• CEvaluationNode() : CEvaluationNode
• CEvaluationNodeCall() : CEvaluationNodeCall
• CEvaluationNodeChoice() : CEvaluationNodeChoice
• CEvaluationNodeConstant() : CEvaluationNodeConstant
• CEvaluationNodeDelay() : CEvaluationNodeDelay
• CEvaluationNodeFunction() : CEvaluationNodeFunction
• CEvaluationNodeLogical() : CEvaluationNodeLogical
• CEvaluationNodeNumber() : CEvaluationNodeNumber
• CEvaluationNodeObject() : CEvaluationNodeObject
• CEvaluationNodeOperator() : CEvaluationNodeOperator
• CEvaluationNodeStructure() : CEvaluationNodeStructure
• CEvaluationNodeVariable() : CEvaluationNodeVariable
• CEvaluationNodeVector() : CEvaluationNodeVector
• CEvaluationNodeWhiteSpace() : CEvaluationNodeWhiteSpace
• CEvaluationTree() : CEvaluationTree
• CEvent() : CEvent
• CEventAssignment() : CEventAssignment
• CExpat() : CExpat
• CExpatTemplate() : CExpatTemplate< CType >
• CExperiment() : CExperiment
• CExperimentFileInfo() : CExperimentFileInfo
• CExperimentObjectMap() : CExperimentObjectMap
• CExperimentSet() : CExperimentSet
• CExpression() : CExpression
• CExpressionInformation() : CUnitInterfaceSBML::CExpressionInformation
• CFindDimensions() : CFindDimensions
• CFitConstraint() : CFitConstraint
• CFitItem() : CFitItem
• CFitMethod() : CFitMethod
• CFitProblem() : CFitProblem
• CFitTask() : CFitTask
• CFittingPoint() : CFittingPoint
• CFixLocalReactionParameters() : CFixLocalReactionParameters
• CFluxMode() : CFluxMode
• CFluxScore() : CFluxScore
• CFortranAccess() : CFortranAccess< Matrix >
• CFunction() : CFunction
• CFunctionAnalyzer() : CFunctionAnalyzer
• CFunctionDB() : CFunctionDB
• CFunctionParameter() : CFunctionParameter
• CFunctionParameterMap() : CFunctionParameterMap
• CFunctionParameters() : CFunctionParameters
• CGraphCurve() : CGraphCurve
• CGraphNode() : CGraphNode
• changeContents() : CQArrayAnnotationsWidget , CQTSSAResultSubWidget
• changed() : CCopasiDataModel
• changedInterval() : CQTSSATimeScaleWidget
• changeInterval() : CQTSSAResultSubWidget
• changeLabelToStep() : CQTSSAResultSubWidget
• changeLabelToTime() : CQTSSAResultSubWidget
• changeMethod() : TaskWidget
• changeRow() : DataModelGUI
• changeStepValue() : CQLayoutMainWindow
• changeTargetFunctions() : CSensProblem
• changeType() : CScanWidgetRandom
• changeVariables() : CSensProblem
• characterDataHandler() : CExpatTemplate< CType >
• characters() : CStructureParser
• check_for_spatial_size_units() : CSBMLExporter
• checkConditionTree() : CNormalChoice , CNormalChoiceLogical
• checkConstraint() : COptItem , CFitItem , CFitConstraint
• checkDenominatorOne() : CNormalFraction
• checkElementUnits() : SBMLImporter
• checkExpressionTree() : CNormalChoice
• checkFactor() : CNormalSum
• checkForEvents() : CSBMLExporter
• checkForFractions() : CNormalFraction
• checkForInitialAssignments() : CSBMLExporter
• checkForMessage() : CCopasiMessage
• checkForODESpeciesInNonfixedCompartment() : CSBMLExporter
• checkForPiecewiseFunctions() : CSBMLExporter
• checkForUnsupportedFunctionCalls() : CSBMLExporter
• checkForUnsupportedObjectReferences() : CSBMLExporter
• checkFunctionalConstraints() : COptProblem , CFitProblem
• checkIsOne() : CNormalFraction , CNormalGeneralPower , CNormalSum
• checkIsZero() : CNormalFraction , CNormalSum
• checkKineticFunction() : CFunctionAnalyzer
• checkLowerBound() : COptItem
• checkModel() : CModelAnalyzer , CHybridMethod , CHybridMethodLSODA
• checkNumeratorOne() : CNormalFraction
• checkParametricConstraints() : COptProblem
• checkPendingMessages() : CopasiUI3Window
• checkReaction() : CModelAnalyzer
• checkRegExp() : MiriamWebServicesSoapBindingProxy
• checkRuleMathConsistency() : SBMLImporter
• checkSamePowerList() : CNormalProduct
• checkUpperBound() : COptItem
• ChemEqValidator() : ChemEqValidator
• child() : IndexedNode
• childCount() : IndexedNode
• children() : IndexedNode
• CHistoCurveData() : CHistoCurveData
• chooseCellMatrix() : CCopasiSelectionDialog
• CHybridMethod() : CHybridMethod
• CHybridMethodLSODA() : CHybridMethodLSODA
• CILDMMethod() : CILDMMethod
• CILDMModifiedMethod() : CILDMModifiedMethod
• CIndex() : CZeroSet::CIndex
• CIndexedPriorityQueue() : CIndexedPriorityQueue
• CInternalSolver() : CInternalSolver
• CKeyFactory() : CKeyFactory
• CKinFunction() : CKinFunction
• CLabel() : CLabel
• CLayout() : CLayout
• CLBase() : CLBase
• CLBoundingBox() : CLBoundingBox
• CLCompartmentGlyph() : CLCompartmentGlyph
• CLCurve() : CLCurve
• CLDimensions() : CLDimensions
• clean() : CRDFGraph
• cleanSet() : CNormalLogical
• cleanSetOfSets() : CNormalLogical
• cleanup() : COptions , CFunctionDB , CFunctionParameter , CFunctionParameters , CKinFunction , CNodeK , CChemEq , CChemEqElement , CCompartment , CEvent , CMetab , CMetabOld , CModel , CMoiety , CReaction , COptMethod , COptTask , CFitTask , COutputDefinitionVector , CPlotItem , CPlotSpecification , CReport , CReportDefinition , CReportDefinitionVector , CScanTask , CEigen , CHybridMethod , CHybridMethodLSODA , CTauLeapMethod , CTrajectoryMethodDsaLsodar , CReportDefinitionSelect , CCopasiTask , CCopasiVector< CType >
• clear() : CCallParameters< Type > , CFunctionAnalyzer::Result , CLCurve , CQRDFTreeView , CTimeSeries , CMCAResultSubwidget , CQBaseDataModel , CQMoietiesTaskResult , StateSubwidget , CCopasiParameterGroup , CCopasiVector< CType > , CDependencyGraph , CIndexedPriorityQueue
• clearArrays() : CQMathMatrixWidget , CQSensResultWidget , CQUpdatesWidget
• clearCallParameter() : CFunctionParameterMap
• clearCell() : CTimeSeriesTable
• clearCellWidget() : CTimeSeriesTable
• clearClicked() : ObjectBrowserWidget
• clearData() : CRDFObject , CRDFSubject
• clearDeque() : CCopasiMessage
• clearDirectDependencies() : CCopasiObject
• clearInvalidEntries() : CBiologicalDescription , CReference
• clearModifiers() : CChemEqInterface
• clearParameterMapping() : CReaction
• clearRefresh() : CCopasiObject
• clearScanItems() : CScanProblem
• clearSliderBox() : SliderDialog
• clearText() : CLTextGlyph
• clearWidget() : CQArrayAnnotationsWidget , CQTSSATimeScaleWidget
• clearWidgetList() : CScanContainerWidget
• CLGraphicalObject() : CLGraphicalObject
• clickToReverseCheck() : ObjectBrowserWidget
• CLinkMatrixView() : CModel::CLinkMatrixView
• CListOfLayouts() : CListOfLayouts
• CLLineSegment() : CLLineSegment
• CLMetabGlyph() : CLMetabGlyph
• CLMetabReferenceGlyph() : CLMetabReferenceGlyph
• clone() : Bar , ValueScale , ColumnScale , RowScale
• closeButton_clicked() : AboutDialog
• closeButtonClicked() : CopasiSlider
• closeClicked() : CopasiSlider
• closeEvent() : CopasiUI3Window , CProgressBar , ObjectBrowserDialog , SliderDialog , CQLayoutMainWindow
• CLowerTriangularView() : CLowerTriangularView< Matrix >
• CLPoint() : CLPoint
• CLReactionGlyph() : CLReactionGlyph
• CLSODA() : CLSODA
• CLsodaMethod() : CLsodaMethod
• CLSODAR() : CLSODAR
• CLTextGlyph() : CLTextGlyph
• CLyapMethod() : CLyapMethod
• CLyapProblem() : CLyapProblem
• CLyapTask() : CLyapTask
• CLyapValidSubTypes() : CLyapValidSubTypes
• CLyapWolfMethod() : CLyapWolfMethod
• CMassAction() : CMassAction
• CMathEvent() : CMathEvent
• CMathMLToTeX() : CMathMLToTeX
• CMathModel() : CMathModel
• CMathTrigger() : CMathTrigger
• CMatrix() : CMatrix< CType >
• CMCAMethod() : CMCAMethod
• CMCAProblem() : CMCAProblem
• CMCAResultSubwidget() : CMCAResultSubwidget
• CMCAResultWidget() : CMCAResultWidget
• CMCATask() : CMCATask
• CMetab() : CMetab
• CMetabNameInterface() : CMetabNameInterface
• CMetabOld() : CMetabOld
• CMIRIAMInfo() : CMIRIAMInfo
• CMIRIAMResource() : CMIRIAMResource
• CMIRIAMResourceObject() : CMIRIAMResourceObject
• CMIRIAMResources() : CMIRIAMResources
• CMMLOutput() : CMMLOutput
• CModel() : CModel
• CModelAdd() : CModelAdd
• CModelAnalyzer() : CModelAnalyzer
• CModelEntity() : CModelEntity
• CModelExpansion() : CModelExpansion
• CModelMerging() : CModelMerging
• CModelValue() : CModelValue
• CModification() : CModification
• CMoietiesMethod() : CMoietiesMethod
• CMoietiesProblem() : CMoietiesProblem
• CMoietiesTask() : CMoietiesTask
• CMoiety() : CMoiety
• Cmt19937() : Cmt19937
• Cmt19937HR() : Cmt19937HR
• CNewtonMethod() : CNewtonMethod
• CNodeK() : CNodeK
• CNormalCall() : CNormalCall
• CNormalChoice() : CNormalChoice
• CNormalChoiceLogical() : CNormalChoiceLogical
• CNormalFraction() : CNormalFraction
• CNormalFunction() : CNormalFunction
• CNormalGeneralPower() : CNormalGeneralPower
• CNormalItem() : CNormalItem
• CNormalItemPower() : CNormalItemPower
• CNormalLcm() : CNormalLcm
• CNormalLogical() : CNormalLogical
• CNormalLogicalItem() : CNormalLogicalItem
• CNormalProduct() : CNormalProduct
• CNormalSum() : CNormalSum
• CODEExporter() : CODEExporter
• CODEExporterBM() : CODEExporterBM
• CODEExporterC() : CODEExporterC
• CODEExporterXPPAUT() : CODEExporterXPPAUT
• col() : CSparseMatrixElement
• collapsRequested() : CSensProblem
• collectIds() : CSBMLExporter , SBMLUtils
• ColorCheckTableItem() : ColorCheckTableItem
• ColorTableItem() : ColorTableItem
• column() : IndexedNode
• columnCount() : CQGlobalQuantityDM , CQEFMSpeciesDM , CQSpecieDM , CQBiologicalDescriptionDM , CQCreatorDM , CQModifiedDM , CQReferenceDM , CQCompartmentDM , CQEFMNetReactionDM , CQEFMReactionDM , CQEventDM , CQFluxModeDM , CQFunctionDM , CQPlotDM , CQReactionDM , CQReportDM , DataModelGUI , IndexedNode
• ColumnScale() : ColumnScale
• combine() : UnitConversionFactory
• ComboItem() : ComboItem
• commentHandler() : CExpatTemplate< CType >
• commit() : DataModelGUI , CCopasiSelectionWidget , ListViews
• commitClicked() : CCopasiSimpleSelectionTree , ObjectBrowserWidget
• commitPlot() : PlotSubwidget
• commitPressed() : ParametersWidget
• commonAfterRunTask() : TaskWidget
• commonBeforeRunTask() : TaskWidget
• commonRunTask() : TaskWidget
• compact() : CStepMatrix
• compare() : CExperiment , CDimension
• compareCol() : CSparseMatrixElement
• compareRow() : CSparseMatrixElement
• compareValue() : COptions
• CompartmentInfo() : CModelExpansion::CompartmentInfo
• compile() : COutputHandler , CExperimentSet , CReaction , CMathTrigger::CRootFinder , CEvaluationNodeVariable , CEvaluationNodeFunction , CEvaluationNode , CEvaluationNodeCall , CEvaluationNodeChoice , CEvaluationNodeDelay , CEvaluationNodeLogical , CEvaluationNodeObject , CEvaluationNodeOperator , CEvaluationTree , CExpression , CMassAction , CEventAssignment , CEvent , CMathEvent , CMathModel , CMathTrigger , CMetab , CModelEntity , COptItem , CExperiment , CExperimentObjectMap , CFitItem , CopasiPlot , COutputHandlerPlot , PlotWindow , CReport , CTimeSeries , COutputInterface , CSlider
• compileDefaultMetabInitialValueDependencies() : CModel
• compileIfNecessary() : CModel
• compileInitialValueDependencies() : CMetab
• compileNodes() : CEvaluationTree
• compilePattern() : CDirEntry
• compileRefresh() : COutputHandler
• compileTree() : CDerive
• completeEvaluationTreeList() : CEvaluationTree
• configure() : Bar
• confirmClicked() : CReportDefinitionSelect
• confirmDelete() : CQMessageBox
• const_iterator() : CCopasiTree< _Node >::const_iterator
• const_row_iterator() : CCompressedColumnFormat::const_row_iterator
• constructCallParameters() : CFunctionAnalyzer
• constructCallParametersActualValues() : CFunctionAnalyzer
• containsInvalid() : CFunctionAnalyzer::CValue
• containsNegative() : CFunctionAnalyzer::CValue
• containsOnlyGivenUnits() : UnitConversionFactory
• containsPositive() : CFunctionAnalyzer::CValue
• containsVolume() : SBMLImporter
• containsZero() : CFunctionAnalyzer::CValue
• contextMenuEvent() : CQGLNetworkPainter , SliderDialog
• convert() : CStepMatrixColumn , CMathMLToTeX
• convert2NonReversible() : CModel
• convertAmpereToSI() : UnitConversionFactory
• convertAndOrToOrAnd() : CNormalLogical
• convertASTNode() : CEvaluationTree
• convertASTTreeToLevel1() : CSBMLExporter
• convertCandelaToSI() : UnitConversionFactory
• convertCelsiusToSI() : UnitConversionFactory
• convertCoulombToSI() : UnitConversionFactory
• convertDimensionlessToSI() : UnitConversionFactory
• convertDoseToSI() : UnitConversionFactory
• ConverterASTNode() : ConverterASTNode
• convertFaradToSI() : UnitConversionFactory
• convertFrequencyToSI() : UnitConversionFactory
• convertHenryToSI() : UnitConversionFactory
• convertJouleToSI() : UnitConversionFactory
• convertKatalToSI() : UnitConversionFactory
• convertKelvinToSI() : UnitConversionFactory
• convertKilogramToSI() : UnitConversionFactory
• convertLumenToSI() : UnitConversionFactory
• convertLuxToSI() : UnitConversionFactory
• convertMeterToSI() : UnitConversionFactory
• convertMoleToSI() : UnitConversionFactory
• convertNewtonToSI() : UnitConversionFactory
• convertOhmToSI() : UnitConversionFactory
• convertPascalToSI() : UnitConversionFactory
• convertRow() : CStepMatrix
• convertSBMLCubicmetresToLitres() : SBMLImporter
• convertScaleNameToScale() : CSlider
• convertScaleToScaleName() : CSlider
• convertSecondToSI() : UnitConversionFactory
• convertSiemensToSI() : UnitConversionFactory
• convertTeslaToSI() : UnitConversionFactory
• convertToASTNode() : CSBMLExporter
• convertToConcentration() : CMetab
• convertToLevel1() : CSBMLExporter
• convertToNumber() : CMetab
• convertToSI() : UnitConversionFactory
• convertValue() : UnitConversionFactory
• convertVoltToSI() : UnitConversionFactory
• convertWattToSI() : UnitConversionFactory
• convertWeberToSI() : UnitConversionFactory
• CopasiPlot() : CopasiPlot
• CopasiSlider() : CopasiSlider
• CopasiTableWidget() : CopasiTableWidget
• CopasiWidget() : CopasiWidget
• COptionParser() : copasi::COptionParser
• COptItem() : COptItem
• COptMethod() : COptMethod
• COptMethodEP() : COptMethodEP
• COptMethodGA() : COptMethodGA
• COptMethodGASR() : COptMethodGASR
• COptMethodHookeJeeves() : COptMethodHookeJeeves
• COptMethodLevenbergMarquardt() : COptMethodLevenbergMarquardt
• COptMethodNelderMead() : COptMethodNelderMead
• COptMethodPraxis() : COptMethodPraxis
• COptMethodPS() : COptMethodPS
• COptMethodSA() : COptMethodSA
• COptMethodSRES() : COptMethodSRES
• COptMethodStatistics() : COptMethodStatistics
• COptMethodSteepestDescent() : COptMethodSteepestDescent
• COptMethodTruncatedNewton() : COptMethodTruncatedNewton
• COptProblem() : COptProblem
• COptTask() : COptTask
• copy() : CNormalCall , CNormalChoice , CNormalChoiceLogical , CNormalFunction , CNormalGeneralPower , CNormalItem , CNormalItemPower , CNormalLogical , CNormalLogicalItem , CNormalProduct , CEvaluationTree , C2DCurveData , CHistoCurveData , CNormalBase , CNormalSum , CNormalFraction
• copyBranch() : CEvaluationNode
• copyCompartment() : CModelExpansion
• copyCompartmentsExpressions() : CModelExpansion
• copyDelayExpression() : CModelAdd
• copyEventAssignmentExpression() : CModelAdd
• copyEvents() : CModelExpansion
• copyExpression() : CModelExpansion , CModelAdd
• copyFunctionContentsToFunction() : FunctionWidget1
• copyInitialExpression() : CModelAdd
• copyMetabolitesExpressions() : CModelExpansion
• copyModelValuesExpressions() : CModelExpansion
• copyNode() : CEvaluationNode
• copySet() : CNormalLogical
• copySetOfSets() : CNormalLogical
• copyTriggerExpression() : CModelAdd
• copyWidget() : CScanContainerWidget
• cornerWidget() : ScrollZoomer
• correctErrorPosition() : yyYaccParser
• COutputDefinitionVector() : COutputDefinitionVector
• COutputHandler() : COutputHandler
• COutputHandlerPlot() : COutputHandlerPlot
• COutputInterface() : COutputInterface
• CParameterListItem() : CParameterListItem
• CParticleReference() : CParticleReference
• CPlotDataChannelSpec() : CPlotDataChannelSpec
• CPlotItem() : CPlotItem
• CPlotSpecification() : CPlotSpecification
• CPraxis() : CPraxis
• CPrecedence() : CEvaluationNode::CPrecedence
• CProcessQueue() : CProcessQueue
• CProcessReport() : CProcessReport
• CProcessReportItem() : CProcessReportItem
• CProgressBar() : CProgressBar
• CQArrayAnnotationsWidget() : CQArrayAnnotationsWidget
• CQBarChart() : CQBarChart
• CQBaseDataModel() : CQBaseDataModel
• CQBiologicalDescriptionDM() : CQBiologicalDescriptionDM
• CQComboDelegate() : CQComboDelegate
• CQCompartment() : CQCompartment
• CQCompartmentDM() : CQCompartmentDM
• CQCompartmentsWidget() : CQCompartmentsWidget
• CQCreatorDM() : CQCreatorDM
• CQCurrentValueTable() : CQCurrentValueTable
• CQDateTimeEditDelegate() : CQDateTimeEditDelegate
• CQDateTimeEditTableItem() : CQDateTimeEditTableItem
• CQDifferentialEquations() : CQDifferentialEquations
• CQEFMListWidget() : CQEFMListWidget
• CQEFMNetReactionDM() : CQEFMNetReactionDM
• CQEFMReactionDM() : CQEFMReactionDM
• CQEFMResultWidget() : CQEFMResultWidget
• CQEFMSpeciesDM() : CQEFMSpeciesDM
• CQEFMWidget() : CQEFMWidget
• CQEventDM() : CQEventDM
• CQEventsWidget() : CQEventsWidget
• CQEventWidget1() : CQEventWidget1
• CQExpandModelData() : CQExpandModelData
• CQExperimentDataValidator() : CQExperimentDataValidator
• CQExperimentSelection() : CQExperimentSelection
• CQExpressionHighlighter() : CQExpressionHighlighter
• CQExpressionMmlStackedWidget() : CQExpressionMmlStackedWidget
• CQExpressionMmlWidget() : CQExpressionMmlWidget
• CQExpressionWidget() : CQExpressionWidget
• CQFittingItemWidget() : CQFittingItemWidget
• CQFittingResult() : CQFittingResult
• CQFittingResultTab1() : CQFittingResultTab1
• CQFittingWidget() : CQFittingWidget
• CQFluxModeDM() : CQFluxModeDM
• CQFunctionDM() : CQFunctionDM
• CQFunctionsWidget() : CQFunctionsWidget
• CQGLNetworkPainter() : CQGLNetworkPainter
• CQGlobalQuantitiesWidget() : CQGlobalQuantitiesWidget
• CQGlobalQuantityDM() : CQGlobalQuantityDM
• CQGLViewport() : CQGLViewport
• CQIndexComboDelegate() : CQIndexComboDelegate
• CQLayoutMainWindow() : CQLayoutMainWindow
• CQLayoutsWidget() : CQLayoutsWidget
• CQLyapResultWidget() : CQLyapResultWidget
• CQLyapWidget() : CQLyapWidget
• CQMathMatrixWidget() : CQMathMatrixWidget
• CQMCAWidget() : CQMCAWidget
• CQMergingData() : CQMergingData
• CQMessageBox() : CQMessageBox
• CQMiriamWidget() : CQMiriamWidget
• CQMmlScrollView() : CQMmlScrollView
• CQModelValue() : CQModelValue
• CQModelWidget() : CQModelWidget
• CQModifiedDM() : CQModifiedDM
• CQMoietiesTaskResult() : CQMoietiesTaskResult
• CQMoietiesTaskWidget() : CQMoietiesTaskWidget
• CQNotes() : CQNotes
• CQOptimizationResult() : CQOptimizationResult
• CQOptimizationWidget() : CQOptimizationWidget
• CQParaPanel() : CQParaPanel
• CQPlayerControlWidget() : CQPlayerControlWidget
• CQPlotDM() : CQPlotDM
• CQPlotsWidget() : CQPlotsWidget
• CQPreferenceDialog() : CQPreferenceDialog
• CQProgressDialog() : CQProgressDialog
• CQProgressItem() : CQProgressItem
• CQProgressItemBar() : CQProgressItemBar
• CQProgressItemText() : CQProgressItemText
• CQRDFTreeView() : CQRDFTreeView
• CQRDFTreeViewItem() : CQRDFTreeViewItem
• CQReactionDM() : CQReactionDM
• CQReactionsWidget() : CQReactionsWidget
• CQReferenceDM() : CQReferenceDM
• CQReportDefinition() : CQReportDefinition
• CQReportDM() : CQReportDM
• CQReportListItem() : CQReportListItem
• CQReportsWidget() : CQReportsWidget
• CQSensResultWidget() : CQSensResultWidget
• CQShowLayoutButton() : CQShowLayoutButton
• CQSortFilterProxyModel() : CQSortFilterProxyModel
• CQSpecieDM() : CQSpecieDM
• CQSpeciesDetail() : CQSpeciesDetail
• CQSpeciesWidget() : CQSpeciesWidget
• CQSpinBoxDelegate() : CQSpinBoxDelegate
• CQSteadyStateResult() : CQSteadyStateResult
• CQTaskThread() : CQTaskThread
• CQTextDialog() : CQTextDialog
• CQTrajectoryWidget() : CQTrajectoryWidget
• CQTSSAResultSubWidget() : CQTSSAResultSubWidget
• CQTSSAResultWidget() : CQTSSAResultWidget
• CQTSSATimeScaleWidget() : CQTSSATimeScaleWidget
• CQTSSAWidget() : CQTSSAWidget
• CQUpdatesWidget() : CQUpdatesWidget
• CQValidator() : CQValidator< Type >
• CQValidatorBound() : CQValidatorBound
• CQValidatorDouble() : CQValidatorDouble
• CQValidatorExpression() : CQValidatorExpression
• CQValidatorFunction() : CQValidatorFunction
• CQValidatorInt() : CQValidatorInt
• CQValidatorNotEmpty() : CQValidatorNotEmpty
• CQValidatorXML() : CQValidatorXML
• CRandom() : CRandom
• CRandomSearch() : CRandomSearch
• CRaptorInit() : CRaptorInit
• CRDFGraph() : CRDFGraph
• CRDFLiteral() : CRDFLiteral
• CRDFNode() : CRDFNode
• CRDFObject() : CRDFObject
• CRDFParser() : CRDFParser
• CRDFPredicate() : CRDFPredicate
• CRDFSubject() : CRDFSubject
• CRDFTriplet() : CRDFTriplet
• CRDFUtilities() : CRDFUtilities
• CRDFWriter() : CRDFWriter
• CReaction() : CReaction
• CReactionInterface() : CReactionInterface
• CReadConfig() : CReadConfig
• create() : CEvaluationNode , CopasiUI3Window , CExpatTemplate< CType > , CEvaluationTree
• createAboutNode() : CRDFGraph
• createActions() : CQPlayerControlWidget
• createAnnotationsCNFromCopasiVector() : CArrayAnnotation
• createAnnotationsM() : CTSSAMethod , CILDMMethod , CCSPMethod , CILDMModifiedMethod
• createAreaUnit() : CSBMLExporter
• createBarChart() : CQArrayAnnotationsWidget
• createBiologicalDescription() : CMIRIAMInfo
• createBucketIndex() : ObjectList
• createBVarMap() : SBMLImporter
• createCCompartmentFromCompartment() : SBMLImporter
• createCFunctionFromFunctionDefinition() : SBMLImporter
• createCFunctionFromFunctionTree() : SBMLImporter
• createChain() : CNormalTranslation
• createCMetabFromSpecies() : SBMLImporter
• createCModelFromSBMLDocument() : SBMLImporter
• createCModelValueFromParameter() : SBMLImporter
• createCompartment() : CSBMLExporter , CModel
• createCompartmentGlyph() : CLayoutInitializer
• createCompartments() : CSBMLExporter
• createCopy() : CFunction
• createCReactionFromReaction() : SBMLImporter
• createCreator() : CMIRIAMInfo
• createCrossSectionMethod() : CCrossSectionMethod
• createDataSets() : CQGLNetworkPainter
• createDefaultOutput() : COutputAssistant
• createDefaultPlot() : CPlotSpecification
• createDelayFunctionDefinition() : SBMLImporter
• createDir() : CDirEntry
• createEditor() : CQComboDelegate , CQSpinBoxDelegate , ComboItem , CQDateTimeEditDelegate
• createEvent() : CModel , CSBMLExporter
• createEventId() : CProcessQueue
• createEvents() : CSBMLExporter
• createExpressionFromFunction() : SBMLImporter
• createFunctionDefinition() : CSBMLExporter
• createFunctionDefinitions() : CSBMLExporter
• createFunctionSetFromFunctionNames() : CSBMLExporter
• createGenerator() : CRandom
• createGraph() : CQGLNetworkPainter , CQGLViewport
• createHasOnlySubstanceUnitFactor() : SBMLImporter
• createHistograms() : PlotSubwidget
• createHybridMethod() : CHybridMethod
• createHybridMethodLSODA() : CHybridMethodLSODA
• createIdMap() : CSBMLExporter
• createInitialAssignment() : CSBMLExporter
• createInitialAssignments() : CSBMLExporter
• createInitialExpression() : CExpression
• createItem() : CPlotSpecification
• createKineticExpression() : CSBMLExporter
• createKineticLaw() : CSBMLExporter
• createLayout() : SBMLDocumentLoader
• createLayoutFromCModel() : CLayoutInitializer
• createLengthUnit() : CSBMLExporter
• createListOfParametersForMathML() : CFunction
• createMassActionExpression() : CSBMLExporter
• createMetabGlyph() : CLayoutInitializer
• createMetabolite() : CCompartment , CSBMLExporter , CModel
• createMetabolites() : CSBMLExporter , CReactionInterface
• createMethod() : COptMethod , CQOptimizationWidget , CQTSSAWidget , SensitivitiesWidget , CFitMethod , CQFittingWidget , CQMCAWidget , CQEFMWidget , CLyapMethod , CEFMMethod , CQMoietiesTaskWidget , CQLyapWidget , TaskWidget , CScanMethod , SteadyStateWidget , CMoietiesMethod , ScanWidget , CQTrajectoryWidget
• createModel() : DataModelGUI
• createModelValue() : CModel
• createModification() : CMIRIAMInfo
• createModuloTree() : CEvaluationNodeOperator
• createNewName() : CopasiTableWidget , CQBaseDataModel
• createNewObject() : CopasiTableWidget , CQLayoutsWidget
• createNewSlider() : SliderDialog
• createNodeFromASTTree() : CEvaluationNodeFunction , CEvaluationNodeOperator , CEvaluationNodeObject , CEvaluationNodeNumber , CEvaluationNodeVector , CEvaluationNodeLogical , CEvaluationNodeCall , CEvaluationNodeConstant , CEvaluationNodeChoice , CEvaluationNodeDelay
• createNonExistingMetabs() : CChemEqInterface
• createNumbers() : CArrayAnnotation
• createOperatorChain() : CNormalTranslation
• createOtherObjects() : CReactionInterface
• createParameter() : CSBMLExporter
• createParameters() : CSBMLExporter
• createPlotSpec() : COutputDefinitionVector
• createReaction() : CSBMLExporter , CModel
• createReactionGlyph() : CLayoutInitializer
• createReactions() : CSBMLExporter
• createReference() : CMIRIAMInfo
• createReportDefinition() : CReportDefinitionVector
• createRule() : CSBMLExporter
• createRules() : CSBMLExporter
• createSBMLDocument() : CSBMLExporter
• createScanItem() : CScanProblem
• createScanItemFromParameterGroup() : CScanItem
• createSensMethod() : CSensMethod
• createSteadyStateMethod() : CSteadyStateMethod
• createSubstanceUnit() : CSBMLExporter
• createTauLeapMethod() : CTrajAdaptiveSA
• createTimesTree() : CSBMLExporter
• createTimeUnit() : CSBMLExporter
• createTmpName() : CDirEntry
• createTrajectoryMethod() : CTrajectoryMethod
• createTSSAMethod() : CTSSAMethod
• createUniqueId() : CSBMLExporter
• createUnitFraction() : CNormalFraction
• createUnitGeneralPower() : CNormalGeneralPower
• createUnitProduct() : CNormalProduct
• createUnits() : CSBMLExporter
• createUnitSum() : CNormalSum
• createUnsupportedFunctionTypeSet() : CSBMLExporter
• createVector() : BarColor
• createVolumeUnit() : CSBMLExporter
• CRecentFiles() : CRecentFiles
• CReference() : CReference
• CRegisteredObjectName() : CRegisteredObjectName
• CReport() : CReport
• CReportDefinition() : CReportDefinition
• CReportDefinitionSelect() : CReportDefinitionSelect
• CReportDefinitionVector() : CReportDefinitionVector
• CResult() : CCopasiTask::CResult
• critical() : CQMessageBox
• CRootFinder() : CMathTrigger::CRootFinder
• CSBMLExporter() : CSBMLExporter
• CScanContainerWidget() : CScanContainerWidget
• CScanItem() : CScanItem
• CScanItemLinear() : CScanItemLinear
• CScanItemRandom() : CScanItemRandom
• CScanItemRepeat() : CScanItemRepeat
• CScanMethod() : CScanMethod
• CScanProblem() : CScanProblem
• CScanTask() : CScanTask
• CScanWidgetRandom() : CScanWidgetRandom
• CScanWidgetRepeat() : CScanWidgetRepeat
• CScanWidgetScan() : CScanWidgetScan
• CScanWidgetTask() : CScanWidgetTask
• CSensItem() : CSensItem
• CSensMethod() : CSensMethod
• CSensProblem() : CSensProblem
• CSensTask() : CSensTask
• CSimSummaryInfo() : CSimSummaryInfo
• CSlider() : CSlider
• CSparseMatrix() : CSparseMatrix
• CSparseMatrixElement() : CSparseMatrixElement
• CSPImportanceIndex() : CCSPMethod
• CSPOutput() : CCSPMethod
• CSPParticipationIndex() : CCSPMethod
• CSPradicalPointer() : CCSPMethod
• cspstep() : CCSPMethod
• CState() : CState
• CStateTemplate() : CStateTemplate
• CSteadyStateMethod() : CSteadyStateMethod
• CSteadyStateProblem() : CSteadyStateProblem
• CSteadyStateTask() : CSteadyStateTask
• CStepMatrix() : CStepMatrix
• CStepMatrixColumn() : CStepMatrixColumn
• CStochDirectMethod() : CStochDirectMethod
• CStochMethod() : CStochMethod
• CStochNextReactionMethod() : CStochNextReactionMethod
• CStructureParser() : CStructureParser
• CTableauLine() : CTableauLine
• CTableauMatrix() : CTableauMatrix
• CTableCell() : CTableCell
• CTableRow() : CTableRow
• CTabWidget() : CTabWidget
• CTauLeapMethod() : CTauLeapMethod
• CTimeSeries() : CTimeSeries
• CTimeSeriesTable() : CTimeSeriesTable
• CTrajAdaptiveSA() : CTrajAdaptiveSA
• CTrajectoryMethod() : CTrajectoryMethod
• CTrajectoryMethodDsaLsodar() : CTrajectoryMethodDsaLsodar
• CTrajectoryProblem() : CTrajectoryProblem
• CTrajectoryTask() : CTrajectoryTask
• CTransposeView() : CTransposeView< Matrix >
• CTruncatedNewton() : CTruncatedNewton
• CTSSAMethod() : CTSSAMethod
• CTSSAProblem() : CTSSAProblem
• CTSSATask() : CTSSATask
• CUnit() : CUnit
• CUnitInformation() : CUnitInformation
• CUnitInterfaceSBML() : CUnitInterfaceSBML
• CUnitLowerTriangularView() : CUnitLowerTriangularView< Matrix >
• CUnitUpperTriangularView() : CUnitUpperTriangularView< Matrix >
• CUpperTriangularView() : CUpperTriangularView< Matrix >
• currentItem() : CQArrayAnnotationsWidget
• Curve2DWidget() : Curve2DWidget
• curvePts() : BezierCurve
• customEvent() : CopasiUI3Window
• CValue() : CFunctionAnalyzer::CValue
• CVector() : CVector< CType >
• CVectorCore() : CVectorCore< CType >
• CVersion() : CVersion
• CVisParameters() : CVisParameters
• Cxerrwd() : Cxerrwd
• CXMLAttributeList() : CXMLAttributeList
• CXMLElementHandler() : CXMLElementHandler< CType, CCommon >
• CZeroSet() : CZeroSet